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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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全转录组测序

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全转录组测序

产品介绍:

   全转录组(Whole Transcriptome  Sequencing )是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和,包含mRNA、smallRNA、lncRNAcircRNARNA。基于⼆代测序的全转录组测序,分析同⼀样本中的mRNA、small RNA、lncRNAcircRNA,并对它们进行两两关联分析和三元关联分析,构建调控网络,深⼊挖掘转录调控机制。


分析流程:

image.png 


样本要求:

  细胞:1×106 

   动物组织:≥1 g

  植物组织3g

  真核微生物:1×106 个或 300mg

 

建库测序:

  测序策略:PE150

  适用范围:有参考基因组物种


项目周期:

        55个工作日


案例分享:

《苯并[a]芘处理的乳腺癌细胞的全转录组测序和竞争性内源RNA调控⽹络构建分析》

WholetranscriptomesequencingandcompetitiveendogenousRNAregulationnetwork constructionanalysisinbenzo[a]pyrene-treatedbreastcancercells

期刊:SCITOTALENVIRON|影响因⼦:10.753|发表时间:2023年|发表单位:桂林医科⼤学


研究背景:

  乳腺癌是世界上⼥性最常⻅的恶性肿瘤,环境污染物被认为是危险因素。⽬前,对苯并[a]芘诱导乳腺癌的研究⼤多集中在增殖、侵袭和转移、DNA损伤、雌激素受体(ER)相关分⼦机制、氧 化损伤和其他代谢途径等⽣物学效应上。⽬前,关于乳腺癌中 ceRNA ⽹络的研究较多。然⽽,B[a]P诱导的乳腺癌中特异性 ceRNA 调控⽹络仍有待阐明。


研究结果:

  通过分析转录组数据,作者鉴定到144个差异表达的circRNA,69个差异lncRNA,20个差异 miRNA 以及212个差异mRNA。随后,他们分析了这些差异RNAGOKEGG富集功能。此外,对这些差异表达的mRNA绘制蛋⽩-蛋⽩互作⽹络(PPI)。随后,他们构建了ceRNA ⽹络,其中⼀个由45个失调的circRNA、11个 miRNA 9mRNA构成,第⼆个由40lncRNA、11miRNA9mRNA构成。

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图:B[a]p处理的MCF-7 细胞系中的竞争内源性RNA⽹络


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