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全转录组测序
全转录组测序 产品介绍： 全转录组(Whole Transcriptome Sequencing )是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和，包含mRNA、smallRNA、lncRNA和circRNA等RNA。基于⼆代测序的全转录组测序，分析同⼀样本中的mRNA、small RNA、lncRNA和circRNA，并对它们进行两两关联分析和三元关联分析，构建调控网络，深⼊挖掘转录调控机制。 分析流程：
样本要求： 细胞： 动物组织：≥1 g 植物组织：≥3g 真核微生物：1×106 个或 ≥300mg
建库测序： 测序策略：PE150 适用范围：有参考基因组物种 项目周期： 55个工作日 案例分享： 《苯并[a]芘处理的乳腺癌细胞的全转录组测序和竞争性内源RNA调控⽹络构建分析》 WholetranscriptomesequencingandcompetitiveendogenousRNAregulationnetwork constructionanalysisinbenzo[a]pyrene-treatedbreastcancercells 期刊：SCITOTALENVIRON｜影响因⼦：10.753｜发表时间：2023年｜发表单位：桂林医科⼤学 研究背景： 乳腺癌是世界上⼥性最常⻅的恶性肿瘤，环境污染物被认为是危险因素。⽬前，对苯并[a]芘诱导乳腺癌的研究⼤多集中在增殖、侵袭和转移、DNA损伤、雌激素受体（ER）相关分⼦机制、氧 化损伤和其他代谢途径等⽣物学效应上。⽬前，关于乳腺癌中 ceRNA ⽹络的研究较多。然⽽，B[a]P诱导的乳腺癌中特异性 ceRNA 调控⽹络仍有待阐明。 研究结果： 通过分析转录组数据，作者鉴定到144个差异表达的circRNA,69个差异lncRNA,20个差异 miRNA 以及212个差异mRNA。随后，他们分析了这些差异RNA的GO和KEGG富集功能。此外，对这些差异表达的mRNA绘制蛋⽩-蛋⽩互作⽹络（PPI)。随后，他们构建了ceRNA ⽹络，其中⼀个由45个失调的circRNA、11个 miRNA 和9个mRNA构成，第⼆个由40个lncRNA、11个miRNA和9个mRNA构成。
图：B[a]p处理的MCF-7 细胞系中的竞争内源性RNA⽹络 |
