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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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SSR

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SSR


简单重复序(SSR)也称微卫星DNA,也可称为SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)STMS (Sequence-tagged microsatellites)。其串联重复的核心序列为1-6 bp,其中最常见是双核昔酸重复,即(CA) n(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同,重复单位数目1060个,其高度多态性主要来源于串联数目的不同。SSR标记的基本原理:根据微卫星序列两端互补序列设计引物,通过PCR反应扩增微卫星片段,由于核心序列串联重复数目不同,因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物,将扩增产物进行凝胶电泳,根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。SSR属于第二代遗传标记,可用于遗传制图、基因定位、法医学鉴定、人类学以及遗传病诊断等多个领域。


技术流程:

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客户提供:

样本:动物组织0.4 g、细胞107以上或植物组织样本2 g以上;

引物信息、数据分析具体要求。

 

最终交付:

实验报告:含完整的实验流程、PCR电泳照片、大板胶检测图、测序峰图和数据分析结果等。 


案例分享

《EST-SSR标记用于杜鹃花的遗传多样性分析》

De novo assembly of transcriptome from Rhododendron latoucheae Franch. using Illumina sequencing and development of new EST-SSR markers for genetic diversity analysis in Rhododendron. Tree Genetics & Genomes, 2017, 13(3):1-14.(IF=1.862)


研究背景:

杜鹃花以其艳丽的花朵而闻名于世,鹿角杜鹃是一种适应性强、海拔范围分布广的杜鹃花,具有美丽的香花和药用功效。然而,杜鹃花的遗传研究一直受限于有限的基因组资源和遗传标记。


研究结果:

在这项研究中,杜鹃花转录组衍生出的80660个单基因组成一个庞大的数据库。在这些单基因中,34867个单基因(43.22%)被注释为公共蛋白质数据库。此外,从16019个单基因序列中鉴定出14415EST-SSR,平均每2.87 kb有一个SSR。其中双核苷酸SSR最丰富(80.03%),其次是三核苷酸(18.82%)、四核苷酸(0.91%)、五核苷酸(0.13%)和六核苷酸(0.11%)。进一步研究,筛选出200对具有6个以上串联重复序列的引物,其中58对引物扩增成功,显示出6个杜鹃品种的多态性。在这58对引物中,37对引物来自37种杜鹃花和中国本土的两大群体中的30个鹿角杜鹃个体中具有多态性。共鉴定出382个等位基因,平均每个位点10.3个等位基因。系统发育树、遗传结构分析和主成分分析表明,主要类群与已知的系统发育树和地理分布相对应。这些转录组数据将有助于杜鹃的基因发掘和功能基因组研究,并且新开发的EST-SSR标记可应用于多种杜鹃属植物中,并用于评价杜鹃属植物的遗传关系。

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图:杜鹃样品的树状图




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