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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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TECHNOLOGY SERVICE

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Small RNA-seq

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Small RNA-seq


产品介绍:

smallRNA是生物体内⼀类重要的功能分子,广泛存在于高等和低等生物体内。SmallRNA与细胞的发育、分化、疾病等密切相关。近年来的研究表明,smallRNA不仅可作为癌症诊断、识别、预后的标志物,也在癌症治疗中发挥作用。 

smallRNA包括microRNA、siRNA、snoRNA、piRNA等。它们的主要功能是诱导基因沉默,调控细胞生长、发育、基因转录和翻译等生物学过程。通过mRNA降解、翻译抑制、异染色体形成以及DNA去除等多种途径,广泛的参与调控⽣物体的生长发育和疾病发生。基于新⼀代⾼通量测序技术的smallRNA 测序,可⼀次性获得数百万条small RNA  序列,能够快速地鉴定某种组织在特定状态下的所有已知smallRNA并发现新的smallRNA,以及预测smallRNA靶基因,为smallRNA功能研究和调控机制提供有力的工具。


分析流程:

miRNA分析流程.png 


样本要求:

细胞:≥1×106 

动物组织:3 g

植物组织:1g

真核微生物:300mg/106

 

建库测序:

测序策略:SE50

测序量:10-20 M

适用范围:有参考基因组物种


项目周期:

45个工作日


案例分享

【项⽬⽂章】《转录组和miRNA测序联合分析揭⽰矮牵⽜花形态发育的动态调控机制》

AnIntegratedAnalysisofTranscriptomeandmiRNASequencing

ProvidesInsightsintotheDynamicRegulationsduringFlowerMorphogenesisinPetunia

期刊:Horticulturae|影响因⼦:2.923|发表时间:2022年|发表单位:中南林业科技⼤学园林学院


研究背景:

花是植物中最复杂的结构,探索其形成的调控机制在进化和⽣殖⽣物学中具有重要意义。迄今为⽌,研究发现花的形成涉及不同的发育过程,如花分⽣组织命运的诱导、花器官特性的确定、花器官的形态建成和成熟等。除了转录⽔平的遗传机制外,表观遗传调控因⼦,尤其是microRNAs,参与了花发育的许多⽅⾯。因此,该研究以转录组和 miRNA 测序为⼯具分析了花形态建成过程中的调控机制。


研究结果:

该研究利⽤RNA-seq miRNA测序全⾯描述了矮牵⽜5个花发育阶段的mRNAmiRNA的动态表达谱。⼤量的候选基因和miRNAs被鉴定出来,表现出时间表达模式的特征。在表达基因中观察到共表达模式,并提⽰存在新的miRNA-mRNA通路。对DEGs DEMs的靶基因进⾏富集分析表明碳⽔化合物代谢、光合作⽤、苯丙氨酸代谢和植物激素途径在花发育过程中起着重要作⽤。这些结果将有助于进⼀步研究转录因⼦的特异性、不同发育阶段的基因调控机制以及花形态差异的遗传基础。


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图:差异表达的miRNA 数量

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表:miRNA与其靶基因的相关性分析




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