案例分享
【项⽬⽂章】《单细胞多组学分析揭⽰了⾯包⼩⻨根系中的不对称基因表达和细胞类型特异性调控⽹络》
Asymmetricgeneexpressionandcell-type-specificregulatorynetworks
intherootofbreadwheatrevealedbysingle-cellmultiomicsanalysis
期刊:GenomeBiology|影响因⼦:17.902|发表时间:2023年|发表单位:华中农业⼤学
研究背景:
同源基因的不对称表达在多倍体中普遍存在,这使得显性位点能控制特定亚基因组中的特定农艺性状。然⽽,⽬前对同源基因不对称表达的理解限于组织或器官层⾯,这些组织或器官由多种细胞类型 组成,参考单细胞转录图谱的缺乏掩盖了细胞异质性引起的不对称表达的细节。最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)在植物中的应⽤提⾼了对各种植物物种中细胞异质性的理解,如拟南芥、⽔稻、⽟⽶、棉花、花⽣和杨树。⾯包⼩⻨是⼀种典型的异六倍体物种,
与拟南芥和⽔稻相⽐,异源多倍体基因组和对其⾼地栖息地的适应可能有助于⼩⻨中特殊的根组织和转录组异质性。
研究结果:
在该研究中,研究⼈员利⽤单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染⾊质⾼通量测序分析(snATAC-seq)探索了⼩⻨根组织在单细胞分辨率下的不对称基因表达模式。此外,作者构建了控制细胞⾝份的细胞类型特异性⽹络,并通过结合细胞类型特异性基因表达和染⾊质可及性,鉴定了驱动细胞命运从分⽣组织细胞向根⽑转变的新的转录因⼦。
图:snRNA-seq和snATAC-seq联合分析