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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

6mA-IP-seq

  • 产品介绍
  • 商品参数

6mA-IP-seq( DNA N6-methyladenine Immunoprecipitation Sequencing)


产品介绍:

6mA-IP-seq其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术,利用特异性抗体富集6mA片段,扩增后进行高通量测序及甲基化分析,以较小的数据量,快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。

6mA作为DNA的另一种甲基化修饰,在真核生物中含量较低(10-6-10-5),与环境压力、胚胎发育等有关。近期研究报道认为6mA是作为5mC甲基化修饰的一种补充调控方式,但是其具体机制及功能有待进一步研究报道。

图片11.png

6mA-IP-seq建库测序流程图


技术路线:

1651820971395608.jpg


样本要求:

DNA总量:大于10 μg

DNA浓度:50 ng/μl

DNA纯度:OD260/OD280=1.8-2.0OD260/OD230大于2.0,琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb,无拖尾无降解,无蛋白污染。


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:20-30M clean reads


项目周期:

60个工作日


案例分析

《N6 -甲基脱氧腺苷标记衣藻中活跃的转录起始位点》

N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas. Cell, 2015, 161(4):879-892.(IF=28.71)


研究背景:

N6 -甲基脱氧腺苷(6mA)是保存在原核生物到真核生物的DNA修饰。它广泛存在于细菌中,并在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节等方面发挥作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能尚不清楚。


研究结果:

作者使用新的测序方法对衣藻全基因组中的6mA分布情况进行了全面的分析。在衣藻基因组中有84%的基因发现了6mA修饰。结果发现6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的ApT二核苷酸区域,呈双峰分布,似乎标记活性基因。在碱基分辨率上也观察到一种周期性的6mA沉积模式,这种模式与TSS附近的核小体分布有关,表明可能在核小体定位中起作用。衣藻的6mA结构在全基因组中的定位及其独特分布情况揭示6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用。

图片13.png

▲衣藻的6mA分布情况及其潜在motif结构和单碱基分布图谱



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