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6mA-IP-seq
6mA-IP-seq（ DNA N6-methyladenine Immunoprecipitation Sequencing）产品介绍： 6mA-IP-seq其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术，利用特异性抗体富集6mA片段，扩增后进行高通量测序及甲基化分析，以较小的数据量，快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。 6mA作为DNA的另一种甲基化修饰，在真核生物中含量较低（10-6-10-5），与环境压力、胚胎发育等有关。近期研究报道认为6mA是作为5mC甲基化修饰的一种补充调控方式，但是其具体机制及功能有待进一步研究报道。
▲6mA-IP-seq建库测序流程图
技术路线：
样本要求： DNA总量：大于10 μg DNA浓度：≥50 ng/μl DNA纯度：OD260/OD280=1.8-2.0，OD260/OD230大于2.0，琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb，无拖尾无降解，无蛋白污染。 建库测序： 测序策略：Illumina Hiseq, PE150 测序深度：20-30M clean reads 项目周期： 60个工作日 案例分析 《N6 -甲基脱氧腺苷标记衣藻中活跃的转录起始位点》 N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas. Cell, 2015, 161(4):879-892.（IF=28.71） 研究背景： N6 -甲基脱氧腺苷(6mA)是保存在原核生物到真核生物的DNA修饰。它广泛存在于细菌中，并在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节等方面发挥作用。相比之下，6mA在真核生物中的分布和功能尚不清楚。 研究结果： 作者使用新的测序方法对衣藻全基因组中的6mA分布情况进行了全面的分析。在衣藻基因组中有84%的基因发现了6mA修饰。结果发现6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的ApT二核苷酸区域，呈双峰分布，似乎标记活性基因。在碱基分辨率上也观察到一种周期性的6mA沉积模式，这种模式与TSS附近的核小体分布有关，表明可能在核小体定位中起作用。衣藻的6mA结构在全基因组中的定位及其独特分布情况揭示了6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用。
▲衣藻的6mA分布情况及其潜在motif结构和单碱基分布图谱 |
