Hi-C

案例分享

《在野猪和巴⻢猪的脂肪组织中进⾏三维基因组结构的重组》

Reorganization
of
3D
genome
architecture
across
wild
boar
and
Bama
pig
adipose
tissues

期刊：Journal of Animal Science and
Biotechnology
｜
影响因⼦：6.175
｜
发表时间：2022年
｜
发表单位：四川农业⼤学

研究背景：

哺乳动物的基因组被组织成不同的层次，这些层次与基因表达的变化密切相关，甚⾄可能有因果关系 。近年来的研究对猪不同组织和细胞类型的染⾊质组织进⾏了表征，并⽐较了不同物种和猪早期发育过程中的染⾊质组织 。然⽽，⼈们对不同品种猪的染⾊质组织如何不同知之甚少。

研究思路：

研究结果：

在本研究中，对野猪和巴⻢猪的两个脂肪库（背部脂肪上层的ULB和⼤⽹膜）进⾏了三维基因组组织分析，并进⾏了转录组鉴定。研究发现野猪和巴⻢猪之间超过95%的A/B隔室和拓扑关联域（TADs）是稳定的。相反，超过70%的启动⼦增强⼦的相互作⽤是动态的和⼴泛存在的，涉及超过1000个基因。染⾊质结构的改变与基因表达的变化有关，这些基因参与了⼴泛的⽣物学功能，如基本的细胞功能、内分 泌功能、能量代谢和免疫反应。在两个猪品种中，与重组的A/B隔室和PEIs相关的基因在GOM和ULB之间分别有⼤约95%和97%的差异。

图：野猪和巴⻢猪Hi-C分析