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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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详细说明

MeRIP-seq

  • 产品介绍
  • 案例分析

MeRIP-seq(Methylated RNA immunoprecipitation sequencing


产品介绍:

MeRIP-seq原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究

m6AN6-methyladenosine6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中十分常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干细胞分化、生物节律等,同时也参与了多种疾病的发生,包括肿瘤、肥胖和不育等。

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MeRIP-seq建库测序流程示意图


技术路线:

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样本要求:

RNA总量:100-150 μg 

RNA浓度:≥100 ng/μl 

DNA纯度:OD260/OD2801.82.1,完整性较好


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:20-30M clean reads


项目周期:

60个工作日


案例分析

《Zc3h13调节核RNA m6A的甲基化和小鼠胚胎干细胞的自我更新》

Zc3h13 Regulates Nuclear RNA m6A Methylation and Mouse Embryonic Stem Cell Self-Renewal. Molecular Cell, 2018, 69(6):1028-1038.e6.(IF=14.548)


本文通过基因敲除、MeRIP -seqCoIP等手段证明锌指蛋白ZC3H13能影响RNAm6A修饰水平,而在调控过程中,Zc3h13-WTAP- Virilizer-Hakai复合物起着重要作用。Zc3h13调控作用是通过在核内锚定WTAPVirilizerHakai以调节RNA m6A甲基化修饰并通过调控RNAm6A修饰情况来调节mESC自我更新。

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▲人胚胎干细胞中m6A情况以及其胞质和核质中m6A分布情况




《H3K36me3引导RNA m6A甲基化修饰共转录》

Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m6A RNA modification co-transcriptionally. Nature.2019, 567(7748):414-419.(IF=43.070)


本文报道了H3K36me3作为转录延伸标记在全转录组范围内调控m6A修饰。作者发现m6A修饰在H3K36me3峰附近富集,当细胞无H3K36me3m6A修饰也相应减少。分析发现, H3K36me3直接识别并绑定MTC复合物中的METTL14,这反过来又促进了m6A MTC邻近RNA聚合酶II的结合,从而将m6A MTC同时传递向积极转录的RNA来聚集m6A。在小鼠胚胎干细胞中,METTL14基因敲除、H3K36me3的消耗也显著降低了m6A丰度和多能性,导致细胞干性增加。总体而言,作者的研究揭示了H3K36me3METTL14在决定m6AmRNA中的特异性和动态积聚方面的重要作用,并揭示了组蛋白修饰和RNA甲基化之间交叉关系的另一层次的基因表达调控情况。

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▲不同处理细胞m6A情况



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