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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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详细说明

MeDIP-seq

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  • 案例分析

MeDIP-seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing)


产品介绍

MeDIP-Seq (Methylated DNA Immunoprecip- itation Sequencing,甲基化DNA免疫共沉淀测序)是一种基于富集方法研究DNA甲基化的测序技术,针对不同甲基化类型选择不同抗体。 目前主要是利用5mC抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段,在高CpG密度、高DNA甲基化水平区域具有很好的抗体亲合性,然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。利用MeDIP-seq技术能快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织或疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异,为生物学研究或临床应用方案提供理论依据。

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MeDIP-seq建库测序过程


技术路线:

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样本要求:

DNA总量:大于10 μg 

DNA浓度:50 ng/μl 

DNA纯度:OD260/OD280=1.8-2.0OD260/OD230大于2.0,琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb,无拖尾无降解,无蛋白污染


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:20-30M clean reads


项目周期:

50个工作日


案例分析

《全DNA甲基化协同调控胶质瘤细胞的细胞核和线粒体基因组》

Global DNA methylation synergistically regulates the nuclear and mitochondrial genomes in glioblastoma cells.  Nucleic Acids Research, 2018;46(12):5977–5995. (IF=11.147)


研究背景:

线粒体DNA的复制在分化和发育过程中受到严格的调控,允许每种细胞类型获得其所需的mtDNA拷贝数,以满足其特定的能量需求。未分化的细胞建立mtDNA设定值,一旦细胞提交到特定谱系该设定值提供少量的mtDNA拷贝,就有足够的模板进行复制。然而,人类胶质母细胞瘤多形性细胞系(HSR-GBM1)的癌细胞无法完全分化,因为它们无法执行mtDNA的设定值,处于假分化状态。由于DNA去甲基化处理促进HSR-GBM1细胞的分化,全DNA甲基化可能是一个主要的促进因素。


研究结果:

为了确定癌症细胞中DNA甲基化和mtDNA拷贝数之间的关系,作者用脱甲基作用剂5 - azacytidine和维生素c处理后的HSR-GBM1细胞中应用MeDIP-seq RNA-seq技术。实验结果确定了脱甲基剂调控DNA甲基化的关键区域以及由它同步导致的mtDNA拷贝数和核基因的表达的改变情况。进一步的发现强调了DNA甲基化对关键基因表达的控制、mtDNA拷贝数的调控和mtDNA设定值的建立,这些共同促成了肿瘤的发生。

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DMR及其差异情况



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