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MeDIP-seq
MeDIP-seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）产品介绍： MeDIP-Seq (Methylated DNA Immunoprecip- itation Sequencing，甲基化DNA免疫共沉淀测序)是一种基于富集方法研究DNA甲基化的测序技术，针对不同甲基化类型选择不同抗体。 目前主要是利用5mC抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段，在高CpG密度、高DNA甲基化水平区域具有很好的抗体亲合性，然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。利用MeDIP-seq技术能快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织或疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异，为生物学研究或临床应用方案提供理论依据。
▲MeDIP-seq建库测序过程 技术路线：
样本要求： DNA总量：大于10 μg DNA浓度：≥50 ng/μl DNA纯度：OD260/OD280=1.8-2.0，OD260/OD230大于2.0，琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb，无拖尾无降解，无蛋白污染 建库测序： 测序策略：Illumina Hiseq, PE150 测序深度：20-30M clean reads 项目周期： 50个工作日 案例分析 《全DNA甲基化协同调控胶质瘤细胞的细胞核和线粒体基因组》 Global DNA methylation synergistically regulates the nuclear and mitochondrial genomes in glioblastoma cells. Nucleic Acids Research, 2018;46(12):5977–5995. （IF=11.147） 研究背景： 线粒体DNA的复制在分化和发育过程中受到严格的调控，允许每种细胞类型获得其所需的mtDNA拷贝数，以满足其特定的能量需求。未分化的细胞建立mtDNA设定值，一旦细胞提交到特定谱系，该设定值提供少量的mtDNA拷贝，就有足够的模板进行复制。然而，人类胶质母细胞瘤多形性细胞系(HSR-GBM1)的癌细胞无法完全分化，因为它们无法执行mtDNA的设定值，处于“假分化”状态。由于DNA去甲基化处理促进HSR-GBM1细胞的分化，全DNA甲基化可能是一个主要的促进因素。 研究结果： 为了确定癌症细胞中DNA甲基化和mtDNA拷贝数之间的关系，作者用脱甲基作用剂5 - azacytidine和维生素c处理后的HSR-GBM1细胞中应用MeDIP-seq 、RNA-seq技术。实验结果确定了脱甲基剂调控DNA甲基化的关键区域以及由它同步导致的mtDNA拷贝数和核基因的表达的改变情况。进一步的发现强调了DNA甲基化对关键基因表达的控制、mtDNA拷贝数的调控和mtDNA设定值的建立，这些共同促成了肿瘤的发生。
▲DMR及其差异情况 |
