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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

DAP-seq

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  • 案例分享

DAP-seq(DNA affinity purification sequencing)

产品介绍:

DAP-Seq是将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育,以确定结合序列。

通过提取基因组DNA,进行基因DNA文库构建。随后利用HaloTag载体,将目的蛋白HaloTag融合表达,将纯化的融合蛋白与基因组文库进行孵育,利用目的蛋白结合DNA片段,并且利用HaloTag特异性磁珠,将目的蛋白DNA复合物进行提取与纯化,随后对捕获的DNA片段进行扩增,测序分析,探究目的蛋白结合的DNA片段。

DAP原理图.png

DAP-seq实验流程


分析流程:

DAP分析流程.png


产品优势:

DAP产品优势.png


项目经验

DAP项目经验.png


样本要求:

植物组织5g

包含转录因子CDS序列的质粒:1-2μg(质粒浓度为200 ng/μL)。(需保证质粒测序结果无误)


建库测序:

测序策略:NovaSeq6000, PE150

测序深度6-12 G


项目周期:

60个工作日


案例分析

【项⽬⽂章】《等位基因特异性表达和染⾊质可及性有助于茶树的杂种优势》

Allele-specificexpressionandchromatinaccessibilitycontributetoheterosis inteaplants(Camelliasinensis)

期刊:ThePlant Journal|影响因⼦:7.1|发表时间:2022年|发表单位:中国农业科学院深圳农业基因组研究所


研究背景:

茶树具有⾼度杂合性,不同亲本包含两套不同的染⾊体,导致 F1 杂种性状⾼度分离。从茶叶育种的⻆度来看,只有具有杂种优势的茶树才能被优先选择。⽬前,优良茶树品种的育种已有多年研究,许多杂交品种得到⼴泛栽培,带来了巨⼤的经济价值。然⽽,关于茶树杂种优势形成的分⼦机制仍是空⽩。


研究结果:

在本研究中,基于已解析的⺟本 TGY 和⽗本 HD 茶树品种,作者分析了杂种 JGY HGY 的等位基因特异性表达和染⾊质可及性的贡献。ATAC-seq结果显⽰,与亲本相⽐,杂交种具有明显更⾼的染⾊质开放区域(ACRs),这可能赋予杂种更⼴泛和更强的基因转录活性。具有显著正杂种优势的萜烯和嘌呤⽣物碱代谢途径的核⼼ ASEGs(等位特异性表达基因)在杂种中具有更⼤的染⾊质可及性,并可能受到 MYB、DOFTRB 家族⼏个成员的调控。随后,在研究中通过 DAP-seq 验证了限速酶 CsDXS 启动⼦染⾊质开放区域中的 CsMYB85 结合基序。

image.png

图:ASEGs中来⾃MVA、MEP和嘌呤代谢途径的ACRs分析



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