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样本处理及建库系统 / 二代测序系统
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武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客），位于武汉高农生物园，办公面积逾3000m2，是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务，运营至今合作的科研客户近千家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，运营至今销售额超1亿元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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网站首页 >> 科技服务 >>核酸蛋白互作组学 >> DAP-seq

详细说明

DAP-seq

产品介绍
案例分享

DAP-seq（DNA affinity purification sequencing）

产品介绍：

DAP-Seq是将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育，以确定结合序列。

通过提取基因组DNA，进行基因组DNA文库构建。随后利用HaloTag载体，将目的蛋白与HaloTag融合表达，将纯化的融合蛋白与基因组文库进行孵育，利用目的蛋白结合DNA片段，并且利用HaloTag特异性磁珠，将目的蛋白和DNA复合物进行提取与纯化，随后对捕获的DNA片段进行扩增，测序分析，探究目的蛋白结合的DNA片段。

DAP原理图.png

DAP-seq实验流程

分析流程：

DAP分析流程.png

产品优势：

DAP产品优势.png

项目经验：

样本要求：

植物组织：≥5g

包含转录因子CDS序列的质粒：1-2μg（质粒浓度为200 ng/μL）。（需保证质粒测序结果无误）

建库测序：

测序策略：NovaSeq6000, PE150

测序深度：6-12 G

项目周期：

60个工作日

案例分析

【项⽬⽂章】《等位基因特异性表达和染⾊质可及性有助于茶树的杂种优势》

Allele-specificexpressionandchromatinaccessibilitycontributetoheterosis inteaplants(Camelliasinensis)

期刊：ThePlant Journal｜影响因⼦：7.1｜发表时间：2022年｜发表单位：中国农业科学院深圳农业基因组研究所

研究背景：

茶树具有⾼度杂合性，不同亲本包含两套不同的染⾊体，导致 F1 杂种性状⾼度分离。从茶叶育种的⻆度来看，只有具有杂种优势的茶树才能被优先选择。⽬前，优良茶树品种的育种已有多年研究，许多杂交品种得到⼴泛栽培，带来了巨⼤的经济价值。然⽽，关于茶树杂种优势形成的分⼦机制仍是空⽩。

研究结果：

在本研究中，基于已解析的⺟本 TGY 和⽗本 HD 茶树品种，作者分析了杂种 JGY 和 HGY 的等位基因特异性表达和染⾊质可及性的贡献。ATAC-seq结果显⽰，与亲本相⽐，杂交种具有明显更⾼的染⾊质开放区域（ACRs），这可能赋予杂种更⼴泛和更强的基因转录活性。具有显著正杂种优势的萜烯和嘌呤⽣物碱代谢途径的核⼼ ASEGs（等位特异性表达基因）在杂种中具有更⼤的染⾊质可及性，并可能受到 MYB、DOF 和 TRB 家族⼏个成员的调控。随后，在研究中通过 DAP-seq 验证了限速酶 CsDXS 启动⼦染⾊质开放区域中的 CsMYB85 结合基序。