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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

DAP-seq

  • 产品介绍
  • 案例分享

DAP-seq(DNA affinity purification sequencing)


产品介绍:

DAP-Seq是将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育,以确定结合序列。

通过提取基因组DNA,进行基因DNA文库构建。随后利用HaloTag载体,将目的蛋白HaloTag融合表达,将纯化的融合蛋白与基因组文库进行孵育,利用目的蛋白结合DNA片段,并且利用HaloTag特异性磁珠,将目的蛋白DNA复合物进行提取与纯化,随后对捕获的DNA片段进行扩增,测序分析,探究目的蛋白结合的DNA片段。

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DAP-seq实验流程


技术路线:

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样本要求:

细胞:>5×104 

动物组织:0.2 g

植物组织0.5 g

真核微生物:500 mg


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:6-12 G


项目周期:

90个工作日


案例分析

《玉米生长素响应因子家族的DNA结合景观》

The DNA binding landscape of the maize AUXIN RESPONSE FACTOR family. Nature communications,2018(IF=11.878)


研究背景:

生长素响应因子AUXIN RESPONSE FACTORS ARFs是植物特异的转录因子,对植物感性生长素调控下游基因表达具有十分重要的作用。与许多大型TF家族一样,一个关键问题是个体成员是否通过结合不同的靶基因来确定发育特异性。


研究结果:

通过对AB两个不同分化枝的14ARFs进行DAP-seq分析,发现统一进化枝下ARFs结合位点具有较强一致性,但是不同进化枝的ARFs结合位点一致性较差。通过结合QTLs分析发现,生长素响应的特异性可能是单个ARF结合位点之外的其他因素决定的

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图:不同分化枝ARFs结合位点具有特异性



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