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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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详细说明

全基因组重测序

  • 产品介绍
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全基因组重测序(Whole Genome Resequencing)


产品介绍:

全基因组重测序(WGS)是对已知基因组序列的物种进⾏不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进⾏差异性分析。全基因组重测序的个体,通过序列⽐对,可以找到⼤量的单核苷酸多态性位点(SNP,Single Nucleotide Polymorphism)、拷⻉数变异(CNV,Copy  Number  Variation)、插⼊缺失(InDel,Insertion/Deletion)、结构变异(SV,Structure Variation)等信息,从⽽应⽤于检测致病基因、遗传变异、产前筛查、个性化医疗等众多领域。


技术路线:

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技术应用:

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样本要求:

细胞:≥5×106 

动物组织:≥0.2 g

植物组织2 g

真核微生物:5×106个或≥300mg


建库测序:

测序策略:PE150

测序深度:30×以上


项目周期:

55个工作日


案例分析

【项⽬⽂章】《全基因组分析⻘稞UV-B适应性中共选择UV-B应答途径》

Genome-wideDissectionofCo-selectedUV-BResponsivePathwaysintheUV-BAdaptationofQingke

期刊:MolecularPlant|影响因⼦:21.949|发表时间:2020年|发表单位:⻘稞和牦⽜种质资源与遗传改良国家重点实验室


研究背景:

⻘稞(⼜称“裸⼤⻨”)因其含有对⼈体有益的可溶性膳⻝β-葡聚糖和阿拉伯⽊聚糖⽽备受⼈们关注。⻘稞主要种植在⻘藏⾼原地区,是该地区的主要粮⻝作物,为适应⾼原低氧、低温、⾼UV-B辐射的环境,⻘稞的驯化可能经过了⼈⼯选择和⾃然选择两种不同的过程,尽管该物种基因组较⼤和基因组资源缺乏⼀直是研究的重⼤障碍。研究发现植物已发展出多种策略来抵抗UV-B辐射,其中最重要的策略之⼀就是产⽣以抗坏⾎酸,芥⼦酸酯和类⻩酮为代表的抗氧化剂保护剂。抗坏⾎酸是⼀种有效的抗氧化剂,存在于所有光合作⽤的真核⽣物中,⽽类⻩酮和芥⼦酸酯显⽰出清晰的植物物种特异性。尽管已经证明了苯丙烷类化合物在应对⾮⽣物/⽣物胁迫中的重要作⽤,但某些苯丙烷类化合物(如⻩酮C-糖苷和芳族酚酰胺)的⽣物合成和调 控途径仍需进⼀步研究。


研究结果:

在本研究中,作者使⽤196个不同的⻘稞和⼤⻨品种进⾏了代谢组学和全基因组重测序分析,发现苯丙烷代谢通路中的多种代谢物参与⻘稞抗UV-B过程 。基于SNP和代谢物进⾏了全基因组关联研究(mGWAS),作者找到了这些抗UV-B物质的遗传定位位点,发现这些位点在⻘稞中受到共选择。除了这些位点,作者进⼀步找到了苯丙烷通路相关的候选基因,并对其中⼀些基因进⾏了验证,包括⻩酮戊糖苷转移酶CGT、阿魏酰酪胺合成的3个酰基转移酶及阿魏酰⾊胺及酚胺相关的MYB转录因⼦。该研究为⻘稞胁迫等农艺性状遗传改良提供了参考。

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图:⼤⻨与⻘稞苯丙烷相关GWAS位点的遗传分化



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