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Smart-seq2
Smart-seq2 产品介绍: 单细胞测序技术在科研领域已得到了广泛的应用,尤其是肿瘤、免疫、细胞发育、病毒感染、用 药指导及靶标筛选等研究领域。目前,主流的单细胞解决方案除了10xGenomics Chromium外,还 有Smart-seq2技术。Smart-seq技术于2012年公布,Smart-seq2是升级版技术。Smart-seq2是可以 检测mRNA全长的单细胞转录组测序技术,也可用于分析可变剪切。 Smart-seq2技术利用ol igo-dT30VN作为反转录起始引物进行逆转录,逆转录至mRNA的5’端 帽子结构时,利用MMLV酶的模板置换的活性,利用TSO作为模板,继续逆转录,进而添加5’通用 序列。其具有模板起始量低、转录本覆盖度高、碱基分辨率高和检测灵敏度高等优势,但只能分析 带poly A的RNA,RNA质量要求高,且检测的是非链特异性RNA。Smart-seq2技术对于样本量少、特 殊样本(比如生殖细胞)有较好的适配性。 技术流程: 分析流程: 样本要求: ·真核生物(动物),mRNA 具有 Poly(A)结构; ·单细胞:细胞直径大于 10μm; ·微量细胞:细胞数目在 200 个以下; ·微量total RNA:一般要求 RNA 28S/18S≥1, RIN≥7,浓度>50pg/μL。 建库测序: ·测序策略:Illnumina PE150 ·测序深度:6G 项目周期: ·60个工作日 |