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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

Smart-seq2

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单细胞全长转录组测序(Smart-seq2)


产品介绍

  单细胞测序技术在科研领域已得到了广泛的应用,尤其是肿瘤、免疫、细胞发育、病毒感染、用药指导及靶标筛选等研究领域。⽬前,主流的单细胞解决方案除了10x Genomics Chromium外,还有Smart-seq2技术。Smart-seq技术于2012年公布,Smart-seq2是升级版技术。Smart-seq2是可以检测mRNA全长的单细胞转录组测序技术,也可⽤于分析可变剪切。

 Smart-seq2技术利用oligo-dT30VN作为反转录起始引物进行逆转录,逆转录至mRNA5’端帽子结构时,利用MMLV酶的模板置换的活性,利用TSO作为模板,继续逆转录,进而添加5’通用序列。其具有模板起始量低、转录本覆盖度高、碱基分辨率高和检测灵敏度高等优势,但只能分析带poly ARNA,RNA质量要求高,且检测的是非链特异性RNASmart-seq2技术对于样本量少、特殊样本(比如生殖细胞)有较好的适配性。


技术流程

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分析流程

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样本要求

真核生物(动物),mRNA 具有Poly(A)结构; 

单细胞:细胞直径大于10μm; 

微量细胞:细胞数目在200个以下; 

微量total RNA:一般要求 RNA 28S/18S1RIN7,浓度>50pg/μL


建库测序:

测序策略:Illnumina,PE150 

测序深度:6G


项目周期:

40个工作日


案例分享


《Smart-seq2测序揭⽰了⼈先天淋巴细胞的组织特异性基因表达》

Tissue-specifictranscriptionalimprintingandheterogeneity

inhumaninnatelymphoidcellsrevealedbyfull-lengthsingle-cellRNA-sequencing

期刊:CellResearch|影响因⼦:46.297|发表时间:2019|发表单位:瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡医学院感染医学中⼼


研究背景:

先天淋巴样细胞(Innate lymphoid cells,ILCs)是近年来加⼊先天免疫系统的新成员,在清除细胞内和细胞外病原体、调节适应性免疫、组织修复和参与炎症等⽅⾯发挥着重要作⽤。然⽽,这些现有研究依赖于⼤量分类的ILC群体的有偏差定义,掩盖了潜在的异质性。微环境对⼈类先天淋巴样细胞(ILC)介导的免疫的影响在很⼤程度上仍然未知。


研究结果:

本研究使⽤全⻓Smart-seq2进⾏全⻓转录组测序来揭⽰四种⼈体组织中CD127+ ILCs的组 织特异性转录谱和异质性 。相关分析确定了扁桃体和⾎液中I LCs迁移特性的基因模块,以及结肠和肺部ILCs的组织驻留、激活和修饰代谢特征。轨迹分析揭⽰了从循环和组织常驻未成熟ILC到成熟ILC亚群的潜在分化途径。在肺中,作者发现CRTH2+CRTH2−ILC2具有肺特异性特征,可以通过循环ILC2的进⾏相关预警。⾎液ILC1样细胞独特的TCR-v(D)j重排模式。此研究为深⼊了解ILC介导的免疫提供了基础,对疾病有指导意义。

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图:Smart-seq揭⽰了不同基因表达模式细胞亚群和组织特异性

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