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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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TECHNOLOGY SERVICE

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LncRNA-seq

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LncRNA-seq


产品介绍:

长链非编码 RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度⼤于200个核苷酸的非编码RNA。研究表明,lncRNA在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多⽣命活动中发挥重要作用。它主要是利用高通量测序技术进⾏lncRNA 测序,并结合⽣物信息学的预测工具进⾏lncRNA 分析,分析lncRNA与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA 序列以及位置信息,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制,还可对新的lncRNA 进行预测及功能分析,极大促进lncRNA的深入研究。


技术流程:

image.png


样本要求:

细胞:1×106 

动物组织:1 g

植物组织5 g

真核微生物:300mg/106

 

建库测序:

测序策略:NovaSeq6000,PE150

测序深度:12-20 G


项目周期:

45个工作日



案例分享

《LncRNAFIRRE通过与PTBP1相互作用,作为肿瘤启动子稳定BECN1mRNA,促进自噬》

LncRNAFIRREfunctionsasatumorpromoterbyinteractionwithPTBP1tostabilizeBECN1mRNAandfacilitateautophagy

期刊:CellDeath&Disease|影响因⼦:9.685|发表时间:2022年|发表单位:复旦⼤学


研究背景:

⻓链⾮编码RNA(lncRNAs)在各种癌症中起着关键作⽤。Firre基因间重复 RNA 元件(FIRRE) 是⼀个位于细胞核内的lncRNA,在结肠直肠癌(CRC)中过表达。然⽽,FIRRE在结直肠癌中的具体机制尚不明确。


研究结果:

通过HE染⾊区分癌变组织和正常组织。通过⾼通量测序(LncRNA-seq)来评估肿瘤和邻近正常组织配对组织中 lncRNA 表达的差异情况。火山图揭示了整体的基因表达水平。其中,FIRRE在肿瘤组织中过表达。CRC细胞系的qPCR结果显⽰,FIRRE在癌细胞中过表达。然后,作者利⽤ RNA pull-down、RIP、细胞周期测定等⼀系列实验发现FIRRE在结直肠癌中作为⼀种致癌因⼦,通过稳定BECN1 mRNA诱导肿瘤的发展,以及以 PTBP-1介导的⽅式促进⾃噬。

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图:FIRRE在结直肠癌样本中的表达



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