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客户文章 | hMeDIP-Seq助力慢性嗜酸性鼻窦炎伴鼻息肉的生物标记物鉴定
发表单位：武汉大学人民医院 发表日期：2022年6月29日 期 刊：Epigenomics（IF:4.357） 研究材料：鼻息肉
2022年6月29日，武汉大学人民医院耳鼻咽喉头颈外科在期刊Epigenomics（IF:4.357）发表题为“The hMeDIP-Seq identified INPP4A as a novel biomarker for eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps”的研究论文。该研究利用hMeDIP-Seq（羟甲基化DNA免疫沉淀测序）技术分析了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉、非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉和对照组，嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉和非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉之间找到了26个基因表现出差异的DNA羟甲基化。最后，研究发现INPP4A是嗜酸性慢性鼻窦炎鼻息肉的生物标记物。爱基百客为其提供hMeDIP-seq的技术支持。
01 研究背景 02 研究方法 03 研究思路
04 研究结果 01 采用hMeDIP-Seq技术的病人特征
02 ECRSwNP、非ECRSwNP及健康对照的DNA羟甲基化比较
03 差异羟甲基化基因功能分析
04 纳入验证实验的病人特征 表4总结了纳入后续实验验证的病人的实验、临床特征等。ECRSwNP组由4名哮喘受试者和2名过敏性鼻炎患者组成。ECRSwNP组和NECRSwNP组均包括4名过去曾接受鼻息肉切除术的患者。ECRSwNP患者外周血和组织嗜酸性粒细胞计数显著升高。除E/M比和面部疼痛或头痛评分外，其他影像学检查评分和VAS评分在ECRSwNP患者中明显更高。
05 通过qRT-PCR确认基因表达变化少  图2 采用qRT-PCR方法检测对照组和鼻息肉嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻窦炎患者鼻息肉黏膜组织中所选差异羟甲基化基因的相对表达 06 免疫组化证实基因表达变化
免疫组化染色检测GNAL、INPP4A、IRF4蛋白表达水平。GNAL免疫组化染色显示小血管内皮细胞呈强阳性，炎性细胞和血管周围上皮细胞呈弱阳性。与其他两组相比，ECRSwNP组中GNAL阳性细胞明显增多（图3A）。INPP4A主要在上皮细胞和粘膜下炎症细胞阳性。在ECRSwNP样本中，阳性染色细胞的数量可以忽略不计（图3B）。IRF4主要在上皮细胞和粘膜下炎症细胞阳性。与其他两组相比，NECRSwNP染色阳性细胞明显增多（图3C）。  07 mRNA表达与实验和临床特征之间的关联  08 DhMGs ' mRNA对ECRSwNP的预测价值 在以往的研究中，外周血嗜酸性粒细胞百分比已成功应用于ECRSwNP预测。在该研究中，作者把这个参考引入。根据回归分析， 可以用INPP4A mRNA，GNAL mRNA和外周血嗜酸性粒细胞百分比预测ECRSwNP（图4A）。对受试者工作特征曲线的进一步分析显示，只有GNAL mRNA作为预测因子表现较差。为确定INPP4A mRNA和GNAL mRNA是否能提高外周血嗜酸性粒细胞百分比的预测价值，作者构建并评估了3种联合模型。外周血嗜酸性粒细胞百分率与INPP4A mRNA或GNAL mRNA联合测定提高了外周血嗜酸性粒细胞百分率的准确性和特异性。
09 低&高INPP4A组患者特点比较 根据INPP4A mRNA预测模型的cutoff值0.4，来源于原始CRSwNP病人分为两组：低INPP4A水平组（values<0.4；n=20）和高INPP4A水平组（values ≥0.4；n=12）。低水平INPP4A水平组（n=15；75%）ECRSwNP发病率高于高INPP4A水平组（n=1；8.33%）（p=0.0006；图5A）。比较两组的人口统计学特征，没有明显的差异（图5B-F）。Lund-Kennedy内镜评分中外周血嗜酸性粒细胞百分比、组织嗜酸性粒细胞计数、鼻阻塞评分、黏膜水肿评分，Lund-Mackay CT评分中前筛窦评分和后筛窦评分在低INPP4A水平中明显更低（图6A-D）。值得注意的是，E/M比值原组间无差异，在低INPP4水平组显著更高（图6E&F）。这些结果再次证明了INPP4A对ECRSwNP具有显著的预测价值。
05 研究结论 |
