ChIP专题 | ChIP之NGS建库

大家都知道爱基百客的ChIP实验做的比较好，实验经验也是非常多的（5000+的ChIP-seq成功经验），实验外包，给爱基100%放心。随着表观技术的发展，表观技术越来越受到科研工作者的关注与青睐。市场上也有很多成熟的建库试剂盒在售卖，本着为科学贡献的原则，爱基百客一直在努力与各位老师分享ChIP实验中的各种技术要点、躲坑秘籍，前面介绍了特别多，大家如果感兴趣可以回顾看看。

今天我们要分享的是ChIP实验中的NGS建库，很多老师可能要说，这个建库有什么难的，不就是常规的DNA建库么，本质没区别啊，但是真的没区别么？

虽然ChIP建库，Z后获得的是片段化的DNA，所以理论上讲，它就是DNA建库，所以我们也会发现，很多公司ChIP建库收费很便宜，因为它们就是用普通的DNA建库试剂盒来建库。如果老师去对比ChIP专用建库试剂盒和一般的DNA建库试剂盒，也会发现ChIP专用建库试剂盒的价格贵了很多倍不止，那么，这两者的差别在哪里呢？

首先给大家看看市场上ChIP建库试剂盒的说明吧！

从这里我们可以看到，ChIP专用建库试剂盒针对低起始量DNA，并且ChIP的产物一般纯度都不太高，需要活性非常好、对DNA纯度要求稍微低一点的酶进行实验。看了ChIP专用建库试剂盒，再来看看常规的DNA建库试剂盒吧：

这里可以看到常规DNA建库试剂盒起始量都要求比较高，当然了，也有DNA微量建库试剂盒，但是成本肯定比这个试剂盒高了，并且常规的DNA建库试剂盒对DNA的质量要求也是非常高的，不能有有机试剂残留，不能有蛋白、RNA污染。

也许有老师说，不就是起始量高低的问题吗？只要能建库成功不就可以了。这里我想说的是，如果能尽可能低的PCR循环数建库成功也是可以的啊，但是很多时候，我们可能为了达到以下目的：1)建库成功；2）达到测序浓度从而增加了PCR循环数，PCR循环数越高，人为引入的PCR偏好性导致的差异就越大（偏好性导致样本会不均一扩增，即有的扩增多，有的扩增少，从而导致偏差），这样更容易引入假阳性结果。

爱基百客生物测试了市场上大部分的建库试剂盒，对不同试剂盒产生的差异有深刻的体验感，尤其是做转录因子的ChIP实验时，更需要ChIP专用建库试剂盒，不然辛辛苦苦作为前期实验，后面建库失败了，这失落感相信不用我多说。

做ChIP，找爱基，疑难样本ChIP，更要找爱基！