打破旧思维，细菌ATAC-seq展示细菌基因组开放区域特性

  在我们常规的认知里，ATAC-seq实验首先需要提取样本完整的细胞核，之后再用Tn5转座酶对核小体区域进行切割。细菌没有完整的细胞核，只有被称为拟核的区域，常规的提核步骤对细菌也不适用。另外，细菌的基因组较小，很难将细菌的基因表达调控与染色质开放区域结合。但是今天我们要分享的文章里，作者开辟性思维将细菌与ATAC结合进行新视角解说细菌的基因调控。

作者有很多开创性思维点，首先是实验部分，因为细菌没有核小体包裹组成的细胞核，所以作者将甲醛交联应用在了本实验中。为什么有此步骤应用，作者给出了理由：一些细菌中已经报道了细菌中存在一些约100 kb的高度自我互作区被称为chromosomal interaction domains (CIDs)。通过甲醛交联，这些互作区形成蛋白核酸结合区域，不会被Tn5酶进行切割。在分析阶段，细菌的ATAC测序结果不能也得不到常规真核生物的测序结果（如核小体分布pattern，较好的TSS分布图，motif预测等等）。文章里作者将染色体开放区域Chromosomal Accessibility Domains (CADs)与细菌染色体互作区域chromosomal interaction domains (CIDs)结合分析，对比这些CADs与CIDs区域，发现了它们的关联点。通过Bac-ATAC-seq实验，作者鉴定出了柄杆菌中有4个Highly Transposase-Inaccessible Transcribed（HINT）regions，对这些区域进行分析，得出了这些HINT区域的基因组可接近区域图谱。当然，作者也对大肠杆菌进行了同样的Bac-ATAC-seq测序及分析，对比了柄杆菌和大肠杆菌开放区域及组成，发现了它们的相同与差异，如柄杆菌和大肠杆菌中基因组非开放区域与转录活性的相关性不高（R2=0.070），还有非开放区域主要是一些核糖核蛋白。