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华大智造DNB-seq靠谱吗?DNB-seq是什么? DNB-seq,即DNA纳米球测序,是华大智造测序平台采用的测序方式。2015年至2018年,华大智造相继推出了拥有完全自主知识产权、具有国际先进水平的桌面型测序仪BGISEQ-500、BGISEQ-50、MGISEQ-2000、MGISEQ-200以及DNBSEQ-T7,其中作为全球首款日通量最高的基因测序仪,DNBSEQ-T7日产出高质量数据1-6 Tb,广泛适用于全基因组测序、超深度外显子组测序、表观基因组测序、转录组测序和肿瘤Panel等测序项目。 相较于Illumina测序,华大DNB-seq与其有着巨大的特异性和优势。首先,文库制备环节,华大测序平台文库为单链环化文库,该文库是为了进行后续的DNA纳米球的生成。在放大信号的环节,Illumina采用桥式PCR的手段放大碱基信号,而华大平台则是利用构建好的单链环化文库进行滚环扩增,生成一个一个的DNA纳米球。随后,DNA纳米球加载至流动槽,通过阵列式芯片,保证采集信号时干扰降低,随后利用cPAS(联合探针锚定聚合技术)进行信号的采集,后续利用软件对信号进行识别(详细点击:华大基因DNBSEQTM测序平台技术原理:https://www.bilibili.com/video/av90170287/)。 相较于Illumina测序,DNB-seq具有以下优势:1、DNB通过增加待测DNA的拷贝数而增强了信号强度,从而提高测序准确度;2、不同于PCR指数扩增,滚环扩增技术的扩增错误不会累积;3、DNB与芯片上活化位点的大小相同,每个位点只固定一个DNB,保证信号点之间不产生相互干扰;4、阵列化测序芯片和DNB测序技术的结合,使得成像系统像素和测序芯片的面积得到最大化利用。其更高的准确率、更低的分子标签跳跃具有显著优势。 DNB-seq认可度高吗? 随着华大智造测序的逐步发展,现在华大智造测序结果已经受到了广泛的认可。以文章为例,仅2022年以来,利用DNB-seq进行的基因组测序和转录组重测序已经达到上百篇。 DNB-seq与转录组测序 DNB-seq与基因组测序 其中2021年 Giga Science和Genes & Genomics 分别发文Comparative analysis of 7 short-read sequencing platforms using the Korean Reference Genome: MGI and Illumina sequencing benchmark for whole-genome sequencing和Comparison between MGI and Illumina sequencing platforms for whole genome sequencing,探究了华大MGI测序平台和Illumina测序平台的数据情况,结果皆显示华大MGI平台数据各项性能与Illumina测序平台相当且具成本优势。 在表观测序领域,DNB-seq也是广泛应用于ChIP、WGBS、HiC、miRNA等文库构建和测序。 而在当前大热的单细胞测序领域,通过文库的转换也是完全可以应用于DNB-seq测序平台。2021年至今,已有近百篇10X单细胞平台转化后进行DNB测序。 爱基的DNB-seq数据怎么样? 爱基百客针对前期项目DNA构建华大文库并进行T7平台测序与前期反馈的Illumina测序结果进行了比对,结果具有较好一致性。 写在最后: 5月6日,美国特拉华州联邦陪审团认定,Illumina完全侵犯了华大子公司Complete Genomics Inc.(CGI)的两项DNA测序专利,应该赔偿3.34亿美元给CGI,约合人民币22亿元。 测序领域虽然国产起步较晚,但是我们也不必妄自菲薄。测序,不仅仅是Illumina。 持续关注我们,后续有惊喜…….比如,测序不要钱了???? |