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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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做植物单细胞实验前,你需要知道这些······

        在单细胞技术出现的初期,smart-seq2技术还在流行,各种如何分离单个细胞还在我们实验测试中,那时,在脑海里就一直回荡着的问题:单个细胞真的能够影响表型乃至导致疾病的么?它们又是如何影响的呢?


高通量单细胞技术的大规模开展,让我们进入了细胞异质性的世界,了解到了异质性细胞与疾病的关联,但是“单个细胞真的能够影响表型乃至导致疾病的么?它们又是如何影响的呢?”这个问题一直没有盘绕在心头,没有答案。


直到翻阅了很多文献,才发现自己有点钻入了死胡同,真正起作用的不是单个细胞,而是一类细胞。我们做单细胞实验,就是要去发现这一类功能的细胞,去看这一类细胞的转录及调控以及其空间位置。所谓的细胞异质性,也是这一类细胞产生的突变积累导致的差异。


那么同理,你说单细胞在植物研究里没什么作用么?单个细胞可能起作用不太行,一大类细胞呢?


在我们做植物单细胞实验时,发现植物单细胞会面临到比动物更多的挑战,第一点就是细胞解离,最初影响植物单细胞发展道路的就是原生质体的制备,不同的植物、同一植物不同的组织部分,因为植物细胞壁的存在,原生质体制备条件都要个性化摸索才能得到最佳原生质体状态,当然,这一限制因素在后人研究中得以解决——就是做单核转录组。那么除此之外,还有什么限制呢,单核转录组不就万事解决了么?也不见得。在做植物单核转录组时,buffer是一大限制因素。植物与动物组织面临的环境不一样,适配的buffer差异也较大,在单细胞实验过程中,如果样本处理时间较长,那么就需要额外的适配buffer能长期维持样本的完整性。植物单细胞实验做完之后,细胞注释也是一大问题。对于动物样本来说,动物的不同的组织类型有一些常用的标记marker,这些marker在不同的样本中都能适用,但是对于植物样本,同一标记marker在不同的样本中,基因序列的变异性较大,比对率不高,同时,同一标记marker在不同的样本中不一定适用。在这种情况下,不同样本的单细胞数据对比分析是可靠性如何就不得而知。再者,大部分植物的基因组相对动物样本来说较大,有些物种甚至基因组注释并不完善,这样,也会限制了单细胞数据分析的可靠性。


目前对于单细胞分群鉴定,更多的还是利用的样本不同组织部位的bulk转录组数据,利用与特定组织部位的bulk转录组数据进行比对从而对单细胞数据进行分群鉴定。那么问题来了,既然有特定组织部位的bulk转录组数据了,那么还要单细胞数据干啥,最后不还是只能知道这些部位的转录组数据么?当然不是这样的,特定组织部位的bulk转录组数据要么会有别的细胞类型存在,影响了基因的表达情况,要么就是细胞数量少,得到的结果可靠性待验证。单细胞数据是能够得到单个细胞的表达情况,并且将细胞的异质性累积效应直观的呈现在“观众”的面前,同时,单细胞数据在借鉴bulk转录组数据分析时,会发现一些有趣的过渡态细胞,对于组织分化、发育进程的研究提供了好的方法。这样来看,植物单细胞湿实验的标配:原位杂交(in situ)是对鉴定的单细胞marker基因的有效验证,而拟时序分析或者RNA速率分析就是植物单细胞生信分析(干实验)的标配。


当然了,这些目前面临的问题,随着越来越多植物学家的研究及突破,未来植物单细胞研究一定会像动物单细胞研究一样,突飞猛进,一路高歌。


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