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前沿技术 | Nature发表 Spatial-ATAC-seq技术,描绘小鼠和人体组织中染色质可及性的空间图谱概要 01 空间ATAC-seq的设计和流程 在固定的组织切片上进行Tn5转位,将包含结扎连接子的适配器插入开放的基因组位点。然后,利用微通道引入带连接子的条形码A (A1-A50)和B (B1-B50),通过连续轮连接连接到Tn5寡核苷酸的5 '端,得到不同的组合。对组织切片进行成像,使空间条形码可接近的染色质可以与组织形态学相关联。 空间ATAC-seq工作流程和微流控横流式的方案 为了获得高产量和高信噪比,作者在对实验方案进行多次调整,将优化方案应用于不同的组织类型,并评估数据质量。在50 μm E13小鼠胚胎实验中,总分析准确再现了bulk测量结果(图1d)。此外,作者将spatial-ATAC-seq结果(不同分辨率)与10x scATAC-seq的测序结果比较(图1e-i),结果表明数据质量可以达到同样的水平。 图1 Spatial-ATAC-seq设计、工作流程和数据质量 02 E13小鼠胚胎的空间图谱 图2a-c 小鼠E13胚胎的空间染色质可及性定位 03 E11 小鼠胚胎的空间图谱 04 小鼠和人大脑的空间图谱 ![]() 05 人扁桃体的空间图谱 图4 20μm像素大小的人类扁桃体的空间染色质可及性图谱 总结 往期推荐
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