NEWS
新闻资讯
|
RNA-蛋白互作预测神器catRAPIDRNA结合蛋白（RBPs）由超过2000种蛋白质组成，它们通过各种方式与转录本相互作用。RBP用来结合和调节RNA的结构和机制非常多样。 目前已知lncRNA、miRNA、circRNA和mRNA都可以与蛋白相互作用，并在转录后发生调控机制。 有很多小伙伴拿到蛋白却不知道结合的RNA是什么？ 或者想知道自己想研究的RNA是否有可能结合的蛋白？ 那么下面这个网站就可以帮到您了。 catRAPID ：是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构，氢键和范德华力，该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。 链接： http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group 打开链接，界面如下图所示：
主要针对catRAPID omics v2.0这一模块进行介绍。
操作方法 01 以一个已知蛋白质预测RNA为例 第一步：
第二步：选择第一种进入下图界面，进行信息填写。
注意：若无法预测蛋白质结合哪种类型RNA，可选择不同类型RNA依次进行预测。 第三步：等待结果。提交完成后一般会在10-30分钟收到包含计算结果的网页链接。 结果如图所示： 结果主要包括两部分，第一部分为图片，第二部分为表格，重点关注表格。
图1 结果一
图2 结果二 02 以一个已知lncRNA预测互作蛋白质为例 第一步：
第二步：选择第二种进入下图界面，进行信息填写。
第三步：提交结果，等待…… 结果展示（与第一种结果类似）：
图1 结果一
图2 结果二 图2为第二个主要结果，星级评定系统帮助用户对结果进行排名。表中总共10列，从左到右依次为：蛋白ID、RNA ID、交互倾向、Z值、交互矩阵、RBP倾向、RNA结合区域、RNA结合基序、保守的相互作用、星级评定。 蛋白ID：就是预测到的蛋白，点击会进入到UniProt网站的相应蛋白页面。 RNA ID：就是我们输入的RNA，点击会显示该RNA的序列。 交互倾向：一种蛋白质（或区域）和一个RNA（或区域）之间相互作用概率的度量。 Z值：基于相互作用倾向的平均值和相对于RNA长度的西格玛的动态Z评分归化。 交互矩阵：以热图的形式显示预测相互作用的蛋白质（y轴）和RNA （x轴）区域。热图的红色阴影表示单个氨基酸和核苷酸对的相互作用评分。 RBP倾向：蛋白质结合RNA倾向的量度。 RNA结合区域：在蛋白质序列中发现的RNA结合结构域发生次数。 RNA结合基序：在RNA序列上发现的RNA结合基序的实例。 保守的相互作用：基于相互作用倾向，对具有较高RBP倾向的蛋白质给予更高的优先级。 星级评定：分数是三个单独值的总和，即catRAPID标准化倾向、RNA/DNA结合域和无序区域的存在以及已知RNA结合基序的存在。 03 以一对已知的RNA和蛋白质为例 第一步：与前面两种情况相似，选择第三种进入下图界面，进行信息填写。
第二步：提交，等待结果。 结果展示：
从结果来看输入的蛋白和RNA是有结合的，再点击RNA-Binding Domains可以得到RNA可能结合在蛋白的哪一段序列，示例如下：
再点击RNA-Binding Motifs可以得到在RNA序列上发现的RNA结合序列的信息，示例如下：
依据matched_sequence的结果可以进行后续的RIP-seq以及RIP-qPCR等验证。爱基百客可以提供这两个技术服务，有相关需求的老师可以联系我们。 |
