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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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RNA-蛋白互作预测神器catRAPID

RNA结合蛋白(RBPs)由超过2000种蛋白质组成,它们通过各种方式与转录本相互作用。RBP用来结合和调节RNA的结构和机制非常多样。


目前已知lncRNA、miRNA、circRNA和mRNA都可以与蛋白相互作用,并在转录后发生调控机制。
有很多小伙伴拿到蛋白却不知道结合的RNA是什么?
或者想知道自己想研究的RNA是否有可能结合的蛋白?
那么下面这个网站就可以帮到您了。

catRAPID :是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。

链接:
http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group
打开链接,界面如下图所示:

image.png


主要针对catRAPID omics v2.0这一模块进行介绍。

image.png


操作方法


01

以一个已知蛋白质预测RNA为例

第一步:

image.png


第二步:
选择第一种进入下图界面,进行信息填写。

image.png


注意:若无法预测蛋白质结合哪种类型RNA,可选择不同类型RNA依次进行预测。

第三步:等待结果。提交完成后一般会在10-30分钟收到包含计算结果的网页链接。

结果如图所示:

结果主要包括两部分,第一部分为图片,第二部分为表格,重点关注表格。


image.png


图1 结果一


image.png


图2 结果二

02

以一个已知lncRNA预测互作蛋白质为例

第一步:

image.png


第二步:选择第二种进入下图界面,进行信息填写。

image.png

第三步:提交结果,等待……


结果展示(与第一种结果类似):

image.png

图1 结果一


image.png


图2 结果二

图2为第二个主要结果,星级评定系统帮助用户对结果进行排名。表中总共10列,从左到右依次为:蛋白ID、RNA ID、交互倾向、Z值、交互矩阵、RBP倾向、RNA结合区域、RNA结合基序、保守的相互作用、星级评定。

蛋白ID:就是预测到的蛋白,点击会进入到UniProt网站的相应蛋白页面。
RNA ID:就是我们输入的RNA,点击会显示该RNA的序列。
交互倾向:一种蛋白质(或区域)和一个RNA(或区域)之间相互作用概率的度量。
Z值:基于相互作用倾向的平均值和相对于RNA长度的西格玛的动态Z评分归化。
交互矩阵:以热图的形式显示预测相互作用的蛋白质(y轴)和RNA (x轴)区域。热图的红色阴影表示单个氨基酸和核苷酸对的相互作用评分。
RBP倾向:蛋白质结合RNA倾向的量度。
RNA结合区域:在蛋白质序列中发现的RNA结合结构域发生次数。
RNA结合基序:在RNA序列上发现的RNA结合基序的实例。
保守的相互作用:基于相互作用倾向,对具有较高RBP倾向的蛋白质给予更高的优先级。
星级评定:分数是三个单独值的总和,即catRAPID标准化倾向、RNA/DNA结合域和无序区域的存在以及已知RNA结合基序的存在。

03

以一对已知的RNA和蛋白质为例


第一步:与前面两种情况相似,选择第三种进入下图界面,进行信息填写。

image.png


image.png


第二步:提交,等待结果。

结果展示:

image.png


从结果来看输入的蛋白和RNA是有结合的,再点击RNA-Binding Domains可以得到RNA可能结合在蛋白的哪一段序列,示例如下:

image.png


再点击RNA-Binding Motifs可以得到在RNA序列上发现的RNA结合序列的信息,示例如下:

image.png


依据matched_sequence的结果可以进行后续的RIP-seq以及RIP-qPCR等验证。爱基百客可以提供这两个技术服务,有相关需求的老师可以联系我们。



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