项目文章速递 | 年末3篇ChIP-seq文章连发，做ChIP认准爱基百客

文 章 一

CtrA activates the expression of glutathione S-transferase conferring oxidative stress resistance to Ehrlichia chaffeensis

研究材料：查菲埃立克菌

2022年12月12日南开大学生命科学学院程志晖团队在Front. Cell. Infect. Microbiol.（IF:6.073）发表题为“CtrA activates the expression of glutathione S-transferase conferring oxidative stress resistance to Ehrlichia chaffeensis”的研究论文。该研究利用ChIP-seq研究Ehrlichia chaffeensis查菲埃立克菌CtrA在氧化应激中利用GSH的机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。实际上，除了这篇文章，爱基一直和程老师团队保持合作关系，差不多是一年一篇ChIP-seq的节奏。

文 章 二

Inferring regulatory element landscapes and gene regulatory networks from integrated analysis in eight hulless barley varieties under abiotic stress

发表单位：省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室

发表日期：2022年12月20日

研究期刊：BMC Genomics（IF:4.547）

研究材料：大麦

2022年12月20日，省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室在期刊BMC Genomics（IF:4.547）发表题为“Inferring regulatory element landscapes and gene regulatory networks from integrated analysis in eight hulless barley varieties under abiotic stress”的研究论文。该研究利用WGBS、ChIP-seq和RNA-seq技术构建不同大麦品种在4种非生物胁迫下的表观调控景观，为大麦胁迫响应提供了很多数据资源。爱基百客为该研究提供WGBS和ChIP-seq的技术支持。

顺式调节元件在抗性育种中变得越来越重要。通过重测序发现了许多DNA变异。研究DNA变异与顺式调节元件之间的联系是基础工作。顺式调节元件中的DNA变异一般会导致表型变异。作者利用WGBS、ChIP-seq和RNA-seq技术对8个无壳大麦品种在4种非生物胁迫下的调控元件景观进行分析。作者从8个品种的甲基化组数据中发现了231,440个低甲基化区域（LMRs）。LMRs主要分布在基因间区。通过甲基化程度与表达水平的相关性分析，鉴定出97,909对增强子-基因对。从耐受特异性的LMRs中识别出许多丰富的motif。筛选干旱胁迫的关键转录因子，从干旱胁迫增强子-基因对数据推断转录因子调控网络。预测出NAC转录因子靶向TCP、bHLH和bZIP转录因子基因。作者推断H3K27me3修饰区域与LMRs重叠超过了H3K4me3。LMRs中单核苷酸多态性的变异比基因组的剩余区域更丰富。表观遗传调控是生物体适应复杂环境的重要机制。通过对DNA甲基化和组蛋白修饰的研究，作者发现在无壳大麦非生物胁迫中增强子和转录因子发生了许多变化。例如，包括NAC在内的转录因子可能发挥重要作用。这丰富了大麦胁迫响应的分子基础。

文 章 三

MITF Contributes to the Body Color Differentiation of Sea  Cucumbers Apostichopus japonicus through Expression Differences and Regulation of Downstream Genes

发表单位：中国科学院海洋研究所

发表日期：2022年12月20日

研究期刊：biology（IF:5.168）

研究材料：刺参

2022年12月20日，中国科学院海洋研究所孙丽娜团队在期刊biology（IF:5.168）发表题为“MITF Contributes to the Body Color Differentiation of Sea  Cucumbers Apostichopus japonicus through Expression Differences and Regulation of Downstream Genes”的研究论文。该研究利用ChIP-seq探讨了MITF调控刺参体色分化的机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。

刺参是一种具有生态意义的棘皮，具有重要的营养和治疗价值。刺参的颜色变化是其最重要的栽培性状之一，因为颜色影响其生物活性成分、味觉和市场价格。MITF是无细胞发育和黑色素合成途径中最关键的基因之一。然而，MITF是如何调节海参的体色和分化的，目前尚不清楚。在这里，作者分析了MITF在白、紫色和绿色海参中的表达水平和位置，并通过ChIP-seq鉴定了MITF调控的基因。作者的研究发现表明MITF通过下游基因的差异表达调控海参绿色、紫色和白色的体色分化。这些发现为研究人员进一步研究海参体色发育的过程提供了基础，并为基因是如何被调控提供了依据。研究结果也将为海参育种提供支持，并为海参产业的发展提供有益的理论基础。

爱基百客在表观领域深耕多年，ChIP-seq一直是我们的王牌产品，有丰富的项目经验。另外，我们还有WGBS、ATAC-seq、Hi-C等表观产品。不论到单一技术，还是联合分析我们都可以提供技术服务，有需求的老师欢迎来勾搭哟~

◆  关于 ChIP-seq 产品  ◆

将染色质免疫共沉淀与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

◆  ChIP-seq 项目经验  ◆

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