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转录因子和组蛋白修饰研究思路 | DNA蛋白互作专题
一、技术简介 很多小伙伴对于ChIP-seq、CUT&Tag和DAP-seq如何选择比较纠结?结合技术特点,我们谈谈它们的差异点以及如何选择。 ![]() ![]()
![]() 二、研究思路 DNA蛋白互作组学的研究对象主要是转录因子和组蛋白,接下来,我们从这两个方向谈谈研究思路,希望能给大家提供新的科研思路和灵感。ChIP技术成熟稳定,适配的研究对象更多,所以举例时以ChIP-seq为主。 01 转录因子 有了研究主题,就能确定研究材料。医学方向根据研究疾病类型选择合适的材料,比如健康vs病人组织,预后组织,小鼠模型或者细胞系等;植物处理前后、不同部位、不同时期、突变体VS野生型等组织;动物与植物类似。微生物也分处理前后菌株,突变体VS野生型菌株。在选材时,可以参考文献资料选择时期和取样部位等。 在研究样本中检测目的基因(文献或RNA-seq通常会提供多个候选基因)的mRNA和蛋白的表达情况。医学方向,预后和临床分析是比较常见手段。然后,对转录因子功能验证。医学方向通常选择细胞系/小鼠模型验证。植物和微生物,一般选择构建突变体。 ![]() 02 组蛋白 ![]() 参考文献: |