喜讯！Frontiers in Plant Science发表中国林科院油柿MeGI转录因子的性别控制机制

近日，Frontiers in Plant Science（IF:6.627）在线发表中国林业科学研究院经济林研究所孙鹏/李芳东/傅建敏团队题为“Regulatory mechanism of MeGI on sexuality in Diospyros oleifera”的研究论文。该研究综合ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq和EMSA等技术发现转录因子MeGI主要通过调节昼夜节律、水杨酸生物合成和类黄酮生物合成途径中的基因来调控油柿的性别控制功能。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。

雌雄异株系统是维持遗传多样性的重要策略。牛奶柿和野柿子转录因子MeGI通过促进雌蕊的发育来促进雌雄异株。然而，MeGI在油柿中的作用尚未确定。在该研究中，作者证实了油柿克隆的MeGI抑制了拟南芥雄蕊的发育。随后，使用染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、DNA亲和纯化测序（DAP-seq）和RNA-seq来揭示基因对MeGI的表达反应。为了在全基因组范围内鉴定MeGI的结合位点，作者使用MeGI-FlAG融合表达的拟南芥转基因株系进行ChIP-seq检测。随后，作者将ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的数据交叉分析，用于预测MeGI调控的靶基因。结果表明MeGI通过调节昼夜节律相关基因（如TOC1、FKF1、PRR5、ELF4和BBX13）的表达来调控花芽的分化。通过EMSA证明富甘氨酸蛋白3（GRP3, evm.model.Chr11.1131）和WRKY DNA结合蛋白28（WRKY28, evm.model.Chr5.1036）启动子区域是与MeGI结合的，意味着这些基因是有MeGI直接调控的。

ChIP-seq、RNA-seq和DAP-seq联合分析