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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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AnimalTFDB v4.0 手把手教您使用动物转录因子数据库

转录因子(Transcription factors,TFs)在控制基因表达中起着关键的作用。对TFs的系统性识别和注释,随后是TF数据库的构建,可能充当了研究转录因子的功能和进化的有用资源。动物转录因子数据库AnimalTFDB4.0(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/#/)对97个动物基因组的转录因子(Transcription Factor)和转录辅助因子(Transcription cofactor)进行了归纳整理。基于DNA结合结构域,将动物转录因子分成了73个基因家族,将转录辅助因子分成了83个基因家族。此外,动物转录因子分为六大类(Basic Domain Group、Zinc-Coordinating Group、Beta-Scaffold Factors、Helix-turn-helix、Other Alpha-Helix Group和Unclassified Structure),动物转录辅助因子也分为六大类(Co-activator/repressors、Chromatin Remodeling Factors、General Cofactors、Histone-modifying Enzymes、Cell Cycle和Other Cofactors)。

1. 数据库主页布局介绍

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① 点击Home即可跳转到主页面。



② 点击Family跳转到TF分类家族页面。展示TF家族分类信息。





③ 点击Species跳转到根据物种分类页面。展示根据不同物种归类的TF信息。



④ 点击Search跳转到搜索页面。输入基因ID信息查询相关注释信息。






⑤ 点击Predict TF跳转到TF预测页面。输入fasta格式的蛋白序列文件,基本比对方法预测TF。



⑥ 点击Predict TFBS跳转到TF结合位点预测页面。输入fasta格式的核苷酸序列文件,基本比对方法预测TFBS。






⑦ 点击Blast跳转到比对搜索页面。输入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件,指定物种进行比对。



⑧ 点击Download跳转数据下载页面,可以下载各个物种分类的TF相关蛋白序列文件。



2. 查询转录因子案例

2.1 已知序列

点击Predict TF跳转到转录因子预测页面,在文本框中输入fasta格式(fasta 格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列)的蛋白序列信息(只支持蛋白序列文件),再点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行,如果序列数据不多很快就可以反馈结果。


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如果只有核苷酸序列文件,同样可以比对预测。点击Blast进入比对页面,在program选项中选择Blastx模式,输入fasta格式的核苷酸序列文件,选择物种信息后点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行。随后返回比对结果。


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2.2 已知转录因子名字

已知某个转录因子名字,以AP-2为例。在主页的右上角有一个搜索框,输入AP-2关键词后点击搜索按钮,即可得到AP-2相关的页面结果信息,结果页面展示了AP-2相关基因的ID、物种和注释信息。可以通过物种筛选按钮,根据物种类别进行筛选。

还有另外一个方法,点击进入Family主页面,页面展示的是不同分类的家族TF信息。找到AP-2家族后点击进入家族页面,页面展示了不同物种的AP-2转录因子信息,点击某个物种即可查询该物种TF信息。


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3. 转录因子结合位点预测

已知一段DNA序列查询其潜在的TF binding site,点击Predict TFBS进入主页面,输入fasta格式的核苷酸序列,点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行,结果反馈预测的TF binding site信息。还可以根据TF家族分类进行筛选。

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4. 用linux服务器进行批量分析

4.1转录因子鉴定

在AnimalTFDB线上数据框下载所有动物转录因子蛋白序列文件,基于blast软件进行比对分析,得到同源序列比对结果,则预测推断这些序列具有同样的TF功能。比对命令如下:

blastp –query query.pep.fa -db /path/animal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalue 1e-10

比对完成后可得到如下文件,第二列为预测的TF结果。

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还可以对转录因子家族进行统计并简单作图如下:

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在得到目标的转录因子之后,可以根据转录因子motif网站 http://jaspar.genereg.net/  提供的motif序列,利用homer[2]软件对目标序列(peak或者Promoter区域的序列)进行motif分析,得到目标区域的已知转录因子motif。然后根据peak或promoter关联的基因及其注释筛选出motif结合基因,对这些基因用clusterprofiler 软件做GO富集分析,最后利用Cytoscape做成网络互作图。示例结果如下:

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