喜讯！The Plant Cell发表中国科学院植物研究所草莓果实成熟转录因子的调控机制

7月28日，中国科学院植物研究所秦国政研究员课题组在The Plant Cell（IF: 11.6）上在线发表了题为“Deciphering the regulatory network of the NAC transcription factor FvRIF, a key regulator of strawberry fruit ripening”的研究论文，该研究揭示了NAC转录因子FvRIF在草莓果实成熟调控中的功能，通过DAP-seq在全基因组水平鉴定了FvRIF的靶基因，并阐明了蛋白质磷酸化修饰对于FvRIF活性的调节作用。爱基百客为该研究提供DAP-seq的分析服务。

为了更好地阐明FvRIF介导的果实成熟转录调控机制，作者他们利用DAP-seq在全基因组范围挖掘FvRIF的结合位点。近些年，DAP-seq已被用于在全基因组范围内捕获转录因子的DNA结合位点。在2个生物学重复中，共检测到了9902个富集peak，关联到7899个基因。其中，有217个被认为是高可信度的FvRIF结合区域。结合元件分析显示，其中最多的结合位点（37%）位于启动子区域，这与 FvRIF是一个具有DNA结合能力和基因调控活性的转录因子相一致。为了深入了解FvRIF的结合位点，研究进行了motif分析（de novo motif预测），富集最多的motif是“TACGTACGTAAC”。值得注意的是，该基序的核苷酸序列来自于核心序列CGT[G/A]，这是一个先前报道的NAC识别motif，证实了DAP-seq数据的可靠。联合转录组数据，确定FvRIF调控的直接靶基因。研究发现FvRIF可结合137个转录因子基因并调控它们的表达，包括多个已知与草莓果实发育和成熟相关的转录因子（FvMYB10、FvSEP3、FvARF2），表明FvRIF可能通过靶向重要的TF基因来间接调控成熟。

论文链接：https://doi.org/10.1093/plcell/koad210

市场部小助理，项目咨询

爱基百客专注于表观组学服务领域多年，提供从方案设计、样本制备、测序、生信分析以及后期验证一站式服务。针对DAP-seq技术，我们已具备多个物种的相关项目经验，更多细节请联系区域销售工程师。

• 项目文章集锦

• ChIP专题

• DAP-seq专题
  

• ATAC-seq专题

• 单细胞测序专题

• CUT&Tag专题

• 甲基化专题
  

• RIP-seq专题