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基于SSR数据的GenAlEx遗传多样性分析(SSR专题)
1. GenAlEx软件介绍GenAlEx(Genetic Analysis in Excel) 被设计为一个用户友好的EXCEL加载宏，具有直观和一致的界面，无需编程基础，能在大多数用户熟悉的EXCEL软件环境中分析广泛的群体遗传数据。 2 GenAlEx分析2.1 软件下载和装配从GenAlEx官网下载软件，目前最新版本是GenAlEx 6.5。 下载地址：https://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Download.html
下载解压后会得到一个 .xlam 为后缀名的EXCEL宏文件。将该文件拖到提前准备好的SSR EXCEL数据表格，然后启用宏，即可进行后续分析。 如下图选项框出现GenAlEx即加载成功。
2.2 SSR数据整理GenAlEx可识别多种类型数据格式，如每个标记只有1列的单倍体形式数据，0 1矩阵数据和多种等位基因基因的数据。缺失数据用-1表示。 详细数据格式如下图所示：
2.3 遗传距离计算按照下图操作，点击OK，即可计算出样本间的遗传距离矩阵。
按照上图操作，第三步选择genetic by pop选项，点击OK，即可计算出群体间的遗传距离矩阵。
2.4 基于标记的遗传多样性分析在GenAlEx下拉菜单选择Frequency，弹出如下界面：
继续点击OK，弹出如下界面：
其中箭头相关的统计建议都加上。会生成一系列统计Sheet表格，包括遗传多样性指标、基因流等。如下图：
其中HFL Sheet红框部分计算出了标记常用的遗传多样性指标。 统计量释义如下：
2.5 基于群体的遗传多样性分析HFP Sheet红框部分计算出了群体常用的遗传多样性指标。如下图：
2.6 Nei’s 遗传距离和遗传相似性NeiP Sheet红框部分计算出了Nei’s 遗传距离和遗传相似性矩阵。如下图：
2.7 基因流分析基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，影响群体遗传多样性，产生新的性状组合。基因流会减少种群之间的差异。较大的基因流可以增加遗传多样性、减少遗传漂变和遗传固定的风险，并且有助于适应环境变化和抵御疾病。这对于野生动植物种群的健康和生存可能是有益的。 下表是基因流分析的结果：
统计量释义如下：
2.8 AMOVA分析（分子遗传变异方差分析）在GenAlEx下拉菜单选择AMOVA，如下图。弹出界面一直点击OK即可完成分析。
下表是AMOVA分析的结果。统计了组内和组间的变异水平。
另外 GenAlEx 还会自动生成一个AMOVA分析饼图。
2.9 PCA分析PCoA（principal co-ordinates analysis）是一种研究数据相似性或差异性的可视化方法，通过一系列的特征值和特征向量进行排序后，选择主要排在前几位的特征值，PCoA 可以找到距离矩阵中最主要的坐标，结果是数据矩阵的一个旋转，它没有改变样品点之间的相互位置关系，只是改变了坐标系统。通过PCoA 可以观察个体或群体间的差。 利用GD遗传距离矩阵Sheet，在GenAlEx下拉菜单选择PcoA，如下图。弹出界面选中Color Code Pops可用不同颜色标识出不同亚群的材料，点击OK即可完成分析。
PCA可视化图结果如下。小编这里是随机生成数据，故无明显分组特征。
3. 文末福利GenAlEx 支持多种软件格式的数据转化导出，包括经典的popgene、genepop、structure等软件。解决了不同软件数据格式制备的痛点。如下图：
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