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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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送样指南

详细内容

甲基化篇

Q1、甲基化检测方法选择?

A1:甲基化分为DNA甲基化和RNA甲基化,DNA甲基化又分为5mC和6mA。常用检测DNA的5mC方法有:WGBS(Busulfite-seq)、RRBS-seq、MeDIP-seq,而检测DNA的6mA方法为6mA-IP-seq。检测RNA甲基化的方法为m6A-IP-seq。每个方法各有千秋,WGBS(Busulfite-seq)、RRBS-seq能达到单碱基分布,但是相对来说成本会高,MeDIP-seq只能达到50bp碱基分布,但是相对费用较小。


Q2、甲基化检测需要样本重复么?

A2:最好有样本重复,避免后续数据分析产生误差。至少设置两个重复。


Q3、甲基化检测需要多少测序量?

A3:WGBS(Busulfite-seq)至少需要测30×;RRBS-seq测序10 G;MeDIP-seq需要20-30 M reads;m6A-IP-seq和6mA-IP-seq需要20-30 Mreads。


Q4、哪些因素会影响甲基化结果的质量?

A4:甲基化建库之前需要对样品进行核酸提取,核酸提取质量直接影响建库结果进而影响测序后数据质量,并且需要进行核酸提取的样品不能有污染,否则会严重影响结果的质量。


Q5、MeDIP-seq是否一定要测input组?input组设置的作用?

A5:条件允许的情况下,一定要测input组。input主要是在call peak环节,需要根据input组来判断IP组检测的peak是否显著富集。


Q6、什么是MeRIP-seq?

A6:RNA甲基化免疫共沉淀高通量测序(MeRIP)是RNA免疫共沉淀结合高通量测序的一种技术,它通过特异性抗体,免疫共沉淀甲基化修饰的RNA(m1A、m6A,m5C),然后将捕获的RNA进行高通量测序。


Q7、MeRIP-seq的应用方向?

A7、鉴定甲基化修饰的RNA(m1A、m6A,m5C)在转录组范围的分布模式。


Q8、MeRIP-seq实验具体步骤?

A8、总RNA提取,分选并打断mRNA,抗体的磁珠孵育,免疫共沉淀形成m6A抗体-RNA复合体,解交联并纯化RNA片段,构建测序文库并高通量测序分析。


Q9、 MeRIP-seq成功的关键因素?

A9:抗体的质量及用量;RNA的用量及孵育时间。


Q10、MeRIP-seq采用的测序策略?

A10:PE150。


Q11、如何判断MeRIP-seq是否成功?

A11:查阅文献,确定存在修饰的RNA序列,设计引物,用qPCR验证Input和IP之间,是否存在富集。

 

Q12:MeRIP实验富集下来的RNA涉及到哪几种步骤

A12:纯化、反转录、测序文库构建。


Q13、甲基化发生位置?

A13:DNA中含有很多CpG结构,2CpG和3CpG中的两个胞嘧啶的5为碳原子通常被甲基化,且两个甲基集团在DNA双链大沟中呈现特定的三维结构。基因组中60%—90%的CpG都被甲基化,未甲基化的CpG成簇地组成CpG岛,位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。而DNA的6-腺嘌呤甲基化目前并未报道具体发生在什么位置,有的真核生物6mA主要位于具有A-T序列基序的核小体-连接体DNA中,但并非所有生物如此,具体情况还需进一步研究报道。


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