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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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SAMPLE DELIVERY GUIDE

送样指南

详细内容

ATAC-seq篇

Q1:ATAC-seq材料如何选择

A:常用于多组样本的分析,具体样本选择基于客户研究方案,例如逆境处理前后、疾病和建库材料、不同发育阶段等。具体样本的送样要求见送样指南

 

Q2:重复如何选择

A:一般要求有3个生物学重复,需要客户保证样本的重复性。另外为避免重复性较差,可以采用混样后分三份的处理方式。

 

Q3:基因组要求

A:需要提供基因组序列文件、蛋白文件、gff文件,基因组的质量好坏会直接影响分析结果,无参考基因组则无法进行ATAC-seq分析

 

Q4ATAC-seq测序量要求

A:以人为例,Encode建议测序需要50M的map reads,因此一般建议测序15G左右。可以根据现有材料基因组大小进行评估。

 

Q5:ATAC-seq如何评判结果好坏

A:主要是针对1、peak数目,常规材料peak数目都在1W以上 2、片段分析,一个表现良好的ATAC-seq需要能够看到至少一个核小体的分布

:该指标并非硬性指标,存在一些文章并不符合该指标,因此需要灵活分析

 

Q6:ATAC-seq中细胞器的污染

A因此ATAC-seq针对的是染色质开放区,细胞器中的DNA开放状态,因此会被捕获实验时会通过密度梯度离心等方式对细胞器进行去除,但是无法做到完全去除,因此存在一定比例的细胞器污染针对植物叶片等材料,其污染情况会更加明显。

 

Q7:如何利用ATAC-seq挖掘转录因子

A:可以针对目标基因开放区域具体序列,根据已有的转录因子数据库motif,寻找在该染色开放区域中包含的motif,并找出对应的转录因子进行后续分析

 

Q8:如何利用ATAC-seq挖掘顺式作用元件

A:ATAC-seq常用于增强子的鉴定,利用研究获得的染色质开放区并且可结合增强子标记的组蛋白修饰(H3K27ac、H3K4me1等)ChIP-seq数据,进一步鉴定增强子。

 

Q9:ATAC-seq与RNA-seq如何联合分析

A:常规思路在于对差异染色质开放区域和差异表达基因关联,寻找不同维度下的基因,对其进行功能注释和分析。


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