SAMPLE DELIVERY GUIDE
送样指南
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ATAC-seq篇Q1:ATAC-seq材料如何选择 A:常用于多组样本的分析,具体样本选择基于客户研究方案,例如逆境处理前后、疾病和建库材料、不同发育阶段等。具体样本的送样要求见送样指南
Q2:重复如何选择 A:一般要求有3个生物学重复,需要客户保证样本的重复性。另外为避免重复性较差,可以采用混样后分三份的处理方式。
Q3:基因组要求 A:需要提供基因组序列文件、蛋白文件、gff文件,基因组的质量好坏会直接影响分析结果,无参考基因组则无法进行ATAC-seq分析
Q4:ATAC-seq测序量要求 A:以人为例,Encode建议测序需要50M的map reads,因此一般建议测序15G左右。可以根据现有材料基因组大小进行评估。
Q5:ATAC-seq如何评判结果好坏 A:主要是针对1、peak数目,常规材料peak数目都在1W以上 2、片段分析,一个表现良好的ATAC-seq需要能够看到至少一个核小体的分布 注:该指标也并非硬性指标,存在一些文章并不符合该指标,因此需要灵活分析
Q6:ATAC-seq中细胞器的污染 A:因此ATAC-seq针对的是染色质开放区,细胞器中的DNA常为开放状态,因此会被捕获。在实验时会通过密度梯度离心等方式对细胞器进行去除,但是无法做到完全去除,因此会存在一定比例的细胞器污染。针对植物叶片等材料,其污染情况会更加明显。
Q7:如何利用ATAC-seq挖掘转录因子 A:可以针对目标基因的开放区域具体序列,根据已有的转录因子数据库motif,寻找在该染色开放区域中包含的motif,并找出对应的转录因子进行后续分析
Q8:如何利用ATAC-seq挖掘顺式作用元件 A:ATAC-seq常用于增强子的鉴定,利用研究获得的染色质开放区并且可结合增强子标记的组蛋白修饰(H3K27ac、H3K4me1等)ChIP-seq数据,进一步鉴定增强子。
Q9:ATAC-seq与RNA-seq如何联合分析 A:常规思路在于对差异染色质开放区域和差异表达基因关联,寻找不同维度下的基因,对其进行功能注释和分析。 |