DAP-seq篇

Q1：DAP-seq在做什么

A：DAP-seq是体外研究蛋白和DNA互作的有效手段，针对没有抗体的材料具有很好的应用场景。

Q2：DAP-seq需要提供什么

A：DAP-seq需要提供基因组DNA（或者样本提取DNA，具体见送样指南）以及目标蛋白质粒（可以是任何质粒，只需要有完整的目标蛋白的序列即可）

Q3：为什么需要提供目标蛋白质粒

A：因为利用cDNA扩增极大概率会出现扩增序列与基因组序列不一致的情况，因此需要有稳定模板进行扩增，即需要提供目标蛋白质粒。

Q4：DAP-seq和ChIP-seq相比，优缺点有哪些

A：DAP-seq和ChIP-seq都是研究蛋白和DNA互作的技术手段，相对于ChIP-seq，DAP-seq其不需要抗体，因此适用于大规模的转录因子研究或者染色质提取难度较大的材料。但是不可避免DAP-seq因为是体外实验，因此无法还原体内真正的结合，包括一些互作蛋白对结合DNA的影响也是无法获得的。

Q5：DAP-seq 分析和ChIP有何差异

A：分析原理上并无差异，但是因为DAP-seq是体外实验，因此会存在较大比例的背景结合片段，因此在默认阈值上（FDR<0.05）分析上普遍存在peak数目较多，对此爱基百客以更严格阈值进行分析，以FDR<0.001,FC>2，挑选出针对启动子区peak进行后续分析，提高结果的真实性。

Q6：DAP-seq重复设置

A：DAP-seq建议2-3次重复，但是需要注意，重复的设置最好是在项目开始前确认，如后续重新实验弥补重复，则重复性一般很难保证。

Q7：DAP-seq实验失败可能原因是哪些

A：DAP-seq体外表达蛋白，如果目标蛋白体内DNA结合能力必须借助体内互作蛋白，则体外DAP-seq有较大概率实验失败。

Q8：DAP-seq peak数目很少，结果可用吗？

A：不同蛋白结合的情况不同，因此虽然peak数目很少，但是建议依然针对现有结果进行分析，看能否挖掘出亮点结果。

Q9：DAP-seq结果是否需要验证？如何验证？

A：DAP-seq分析结果一般都是需要验证的，验证手段包括EMSA、酵母单杂等实验。如果通过前期大量转录因子筛选出候选转录因子，针对该转录因子也可以考虑体内ChIP等验证。