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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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SAMPLE DELIVERY GUIDE

送样指南

详细内容

DAP-seq篇

Q1:DAP-seq在做什么

A:DAP-seq是体外研究蛋白和DNA互作的有效手段,针对没有抗体的材料具有很好的应用场景。

 

Q2:DAP-seq需要提供什么

A:DAP-seq需要提供基因组DNA(或者样本提取DNA,具体见送样指南)以及目标蛋白质粒(可以是任何质粒,只需要有完整的目标蛋白的序列即可)

 

Q3:为什么需要提供目标蛋白质粒

A:因为利用cDNA扩增极大概率会出现扩增序列与基因组序列不一致的情况,因此需要有稳定模板进行扩增,即需要提供目标蛋白质粒。


Q4:DAP-seq和ChIP-seq相比,优缺点有哪些

A:DAP-seq和ChIP-seq都是研究蛋白和DNA互作的技术手段,相对于ChIP-seq,DAP-seq其不需要抗体,因此适用于大规模的转录因子研究或者染色质提取难度较大的材料。但是不可避免DAP-seq因为是体外实验,因此无法还原体内真正的结合,包括一些互作蛋白对结合DNA的影响也是无法获得的。

 

Q5:DAP-seq 分析和ChIP有何差异

A:分析原理上并无差异,但是因为DAP-seq是体外实验,因此会存在较大比例的背景结合片段,因此在默认阈值上(FDR<0.05)分析上普遍存在peak数目较多,对此爱基百客以更严格阈值进行分析,以FDR<0.001,FC>2,挑选出针对启动子区peak进行后续分析,提高结果的真实性。

 

Q6:DAP-seq重复设置

A:DAP-seq建议2-3次重复,但是需要注意,重复的设置最好是在项目开始前确认,如后续重新实验弥补重复,则重复性一般很难保证。

 

Q7:DAP-seq实验失败可能原因是哪些

A:DAP-seq体外表达蛋白,如果目标蛋白体内DNA结合能力必须借助体内互作蛋白,则体外DAP-seq有较大概率实验失败。

 

Q8:DAP-seq peak数目很少,结果可用吗?

A:不同蛋白结合的情况不同,因此虽然peak数目很少,但是建议依然针对现有结果进行分析,看能否挖掘出亮点结果。

 

Q9:DAP-seq结果是否需要验证?如何验证?

A:DAP-seq分析结果一般都是需要验证的,验证手段包括EMSA、酵母单杂等实验。如果通过前期大量转录因子筛选出候选转录因子,针对该转录因子也可以考虑体内ChIP等验证。

 

 

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