DAP-seq实验分析流程及案例分享 | DNA蛋白互作

DNA亲和纯化测序技术（DAP-Seq）是体外研究DNA与蛋白结合情况的技术，将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育，以确定结合序列。

• 技术优势

  
  
  
  

  
  

• 适用范围
  

1. 抗体难以获得的样本——有些物种（尤其是植物）中的转录因子没有对应的ChIP级别抗体或者没有成熟的转基因体系无法使用标签抗体，而自制抗体周期较长且难度较大；
2. 染色质提取困难的样本——有些植物的果实、花、茶叶等糖酚含量较高，提取染色质难度较大；
3. 蛋白表达丰度低的样本——植物中的转录因子表达微弱且存在时空表达特性。

1. 前期准备

（1）组织材料的全基因组 DNA 提取，并构建 DNA文库；

（2）构建转录因子的Halo-tag体外表达质粒，利用麦胚系统进行蛋白表达；

（3）混合蛋白与文库，磁珠富集与目的蛋白结合的 DNA 片段；

（4）多次洗涤，除去非特异结合的染色质，并纯化复合体；

（5）纯化 DNA片段，测序分析。

简易流程如下图所示：

（分析报告会对每一部分进行详细的展示，感兴趣的老师可以联系当地销售获取报告demo）

在本研究中，作者对中国栽培面积最大的人工乌龙茶进行了等位基因和染色质可及性水平分析。作者首先找到了杂种优势形成的原因，然后利用ATAC-seq发现了杂交种的ACRs明显高于亲本，这可能使杂交种的基因转录活性更广泛、更强。杂交种中显著增加的ACR有助于调节ASEG的表达，从而影响杂种优势代谢产物的形成。此外，作者还通过DAP-seq验证了速率限制酶CsDXS启动子ACR中CsMYB85的结合motif。这些结果为从亲本等位基因和染色质可及性的角度研究植物杂种优势机制提供了新的视角。然而，该研究无法识别等位基因特异性ACR并分析其与ASEGs的关系。因此，后续研究可以通过构建多个杂交种的单倍型解析基因组，更精确地探索杂种优势形成的等位基因调控。

本项研究首先通过两种材料（抗与非抗旱）在不同处理下的转录组结果，发现了候选转录因子（GATA家族，HOVUSG2784400），随后进行DAP-seq鉴定了转录因子结合的DNA，即HOVUSG2784400基因的候选靶基因。最终通过RT-qPCR验证了候选靶基因的差异表达。总之，本篇文章发现转录因子HOVUSG2784400响应低水分胁迫，控制基因的差异表达，从而提高青稞的抗旱性。

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